堆肥过程主要靠微生物的作用进行，微生物是堆肥发酵的主体。参与堆肥的微生物有两个来源：一是有机废弃物里面原有的大量微生物；另一是人工加入的微生物接种剂。这些菌的种在一定条件下对某些有机废物具有较强的分解能力，具有活性强、繁殖快、分解有机物迅速等特点，***有机肥品牌推荐，能加速堆肥反应的进程，缩短堆肥反应的时间。
堆肥一般分为好氧堆肥和厌氧堆肥两种。好氧堆肥是在有氧情况下的有机物料分解过程，其代谢产物主要是二氧化碳、水和热；厌氧堆肥是在无氧条件下有机物料的分解过程，厌氧分解***后的代谢产物是CH4、二氧化碳和许多低分子量的中间产物，***有机肥哪家好，如有机酸等。
参与堆肥过程的主要微生物种类是***、***以及放线的菌。这3种微生物都有中温菌和高温菌。
堆肥过程中微生物的种群随温度的变化发生如下的交替变化：低、中温菌群为主转变为中高温菌群为主，中高温菌群为主转化为中低温菌群。随着堆肥时间的延长，***逐渐减少，放线的菌逐渐增多，霉菌和酵母菌在堆肥的末期显着减少。
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减少养分固定，提高养分的有效性 有机肥含有许多有机酸、腐植质酸及其他羟基类物质，***有机肥销售，它们都具有很强的螯合能力，能与许多金属元素螯合形成螯合物，可防止土壤对这些营养元素的固定而失效。如有机肥与磷肥掺合施用，屏边***有机肥，有机肥中的有机酸等螯合物能将土壤中活性很强的铝离子螯合，可防止铝与磷结合形成作物很难吸收的闭蓄态磷，大大提高土壤有效态磷含量。
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