粕类：有豆粕、棉粕、蓖麻粕、花椒粕、花生粕等多为农产品加工产业的下脚料，多为辅料。粕类为原料的有机肥可称得上为好的有机肥，因其多为饲料级，原料成本较高，发酵腐熟不宜控制。
菌糠：俗称蘑菇渣、菌包，有金针菇渣、平菇渣、杏鲍菇渣等，原料多为酒糟、玉米芯、稻壳粉、麦麸、豆粕及配一些营养元素，菌糠有机质高、富含菌体蛋白、***、微量元素及生长素，做有机肥在肥力效果较好。
生物有机肥中有大量的有益微生物，能分解土壤中的有机物，增加土壤的团粒结构，改善土壤组成。微生物在土壤中的繁殖速度非常快，他们就像一张看不见的大网，错综复杂。微生物的菌体死后，在土壤中留下了很多微细的管道，这些微细的管道不但增加了土壤的透气性，而且还使土壤变得蓬松柔软，养分水分不易流失，增加了土壤蓄水蓄肥能力，避免和消除了土壤的板结。
含硫有机物的转化 堆肥中含硫有机物，经微生物的作用生成H2S。H2S在嫌气环境中易积累，对植物和微生物会发生毒的害。但在通气良好的条件下，H2S在硫***的作用下氧化成***，并和堆肥中的盐基作用形成***盐，不仅消除了H2S的毒的害，并成为植物能吸收的硫素养料。在通气不良的情况下，发生反硫化作用，使***转变为H2S散失，并对植物产生毒的害。堆肥发酵过程中，可以通过定时翻倒措施改善堆肥的通气性，就能消除反硫化作用。
