用作追肥
用户把有机肥当化肥来追肥，没能及时盖土，肥料只在土壤表面，不能与土壤充分进行接触，不能起到改良土壤的效果。
加上日晒雨淋，有益的微生物不能起作用，养分也会随水流失，有机肥的缓冲能力、疏松土壤、持水透气、保温保肥等功能也都体现不出来。
有机肥很好的方式应当配合无机肥作为基肥使用，与土壤进行混合，或者起码要做到有机肥不外露在土壤表面，如沟施穴施等。
减少养分固定，提高养分的有效性 有机肥含有许多有机酸、腐植质酸及其他羟基类物质，它们都具有很强的螯合能力，能与许多金属元素螯合形成螯合物，可防止土壤对这些营养元素的固定而失效。如有机肥与磷肥掺合施用，有机肥中的有机酸等螯合物能将土壤中活性很强的铝离子螯合，可防止铝与磷结合形成作物很难吸收的闭蓄态磷，大大提高土壤有效态磷含量。
有机质的矿化作用
⑴不含氮有机物的分解 多糖化合物（淀粉、纤维素、半纤维素）首先在微生物分泌的水解酶的作用下，水解成单糖。葡萄糖在通气良好的条件下分解迅速，酒精、醋酸、草酸等中间产物不易积累，***终形成CO2和H2O，同时放出大量热能。如果通气不良，在嫌气微生物作用下，单糖分解缓慢，产生热量少，并积累一些中间产物-有机酸。在极嫌气微生物条件下，还会生成CH4、H2等还原态物质。
