试验结果表明，生物有机肥可有效促进果树的生长发育。研究表明，设施桃树上施用生物有机肥后，显着提高了土壤温度，10厘米根际土壤温度平均升高2.2℃；促进了土壤表层根系的发生与生长，细根数量比对照增加1.5倍；明显提高了设施内桃的坐果率，比对照提高45.6%；成熟期提前，比对照早熟10-12天。在设施草莓上施用生物有机肥后，植株生长明显改善，所有指标均高于对照，根呼吸强度和根系生长点数分别增加2.5倍和1.2倍，新根总表面积和根冠比分别增加117.3%和44.9%，叶片光合强度提高70%以上。
与农家肥相比，生物有机肥的根本优势在于： 生物有机肥中的功能菌对提高土壤肥力、促进作物生长具有特定***，而农家肥属自然发酵生成，不具备优势功能菌的特别的效。
与生物菌肥相比，生物有机肥包含功能菌和有机质，有机质除了能改良土壤，其本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后功能菌容易定殖并发挥作用； 而生物菌肥只含有功能菌， 且其中的功能菌可能不适合有的土壤环境，无法存活或发挥作用。另一方面，生物有机肥比生物菌肥价格更为便宜。
生物有机肥质量的优劣主要取决于其中所含益生菌的作用强度和活菌数量， 目前生物有机肥的生产中通常使用活性强且耐高温、高渗、干旱等抗逆性较强的菌，且在生产过程中要考虑各种菌剂之间的相互作用，不可随意混合。根据微生物在生产中的作用可分为发酵菌和功能菌。发酵菌多由复合菌系组成，具有促进物料分解、腐熟、除臭的功能，常用菌有酵母菌、光合***、乳酸菌、青霉、木霉、根霉等；功能菌是指能在产品中发挥特定的肥料效应的微生物，以固氮菌、溶磷菌、硅酸盐***等为主，在物料腐熟后加入。
