不过为了不让水分有大量流失，还是需要用塑料薄膜将鸡粪全部盖住，然后就等待鸡粪自然加热提高温度。
当鸡粪的温度逐步提高到大约60-70℃时，将鸡粪撒匀，冷却后堆放。之后按照此程序和方法，反复重复两至三次，这个发酵过程大约需要20天。
如果直接使用未经发酵的鸡粪，在田间进行二次发酵，鸡粪会产生出大量的热量，造成大量农作物不可挽回的毁灭，造成不必要的损失，并耽误农业生产。
鸡粪是一种比较优质的有机肥，其中含纯氮、磷（P2O5）、钾（K2O）约为1.63％、1.54％、0.085％。鸡粪在施用前必须经过腐熟剂的腐熟，将存在鸡粪中的寄生的虫及其虫卵，以及传苒性的一些病菌通过在腐熟的过程得到灭活及脱臭。鸡粪有机肥生产工艺流程大致包括为：原料选配→干燥灭菌→配料混合→制粒→冷却筛选→计量封口→成品入库。
一般情况下，每亩每季菜地的控制量为鸡粪有机肥1500—2000 千克。果实类和块茎类蔬菜作物需肥量较大，可取其上限；而绿叶菜类作物需肥量相对较小，可取其下限。目前鸡粪有机肥品种越来越多，但商品鸡粪有机肥质量参差不齐，有些鸡粪有机肥甚至掺杂了污泥、沙子等，根本就达不到有机质含量的标准。因此，一定要积造和选用优质、无污染的有机肥，并经充分腐熟。如果需要购买商品鸡粪有机肥，应选用正规大厂家生产的。优质鸡粪有机肥应是黄褐色或是深色均匀颗粒状产品，比重较小，无臭味。
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