为了保证器械净化车间围护结构的气密性(不透气性)，避免产生裂隙，除须注意围护结构的选材和构造处理外，应使主体结构具有抗***、控制温度变形和避免地基不均匀沉陷的良好性能。在***频繁地区应使主体结构具有良好的整体性和足够的刚度，尽量使器械净化车间部分的主体结构受力均匀，并且应尽量避免厂房的变形缝穿过洁净区。在可能因沉陷而开裂的构造，部位如墙体与地面交接处等宜采用柔性连接。不同洁净度等级洁净室之间的隔墙也同样需要考虑其构造上的气密性。
了保持室内清洁，送风管，灯具安装在夹层里，很多净化工程施工工艺选择彩钢板夹心吊顶。重量轻、强度大、整体性好，保温隔热发尘小。比较适用于GMP出产厂房。可是吊顶的固定有必要与结构主体相连，不能与设备，管线支架混用。吊顶与墙面要润滑衔接。吊顶与送回风管口要可靠关闭。吊顶安装完成后要进行灯检，确保无缝隙。依据工艺要求，一般在技能夹层内应设置检修走道，便于管道的检修和替换过滤器以及技能夹层的墙面与天棚需刷涂料饰面。
如今的净化工程大都是通过换气的方式来保持环境的洁净度，净化工程的换气方式可分成两种方案：一种是由空调过滤器直接换气，还有就是通过滤风机设备进行换气。
在一般净化工程使用当中，比较多的是空调过滤器换气，由进风空调器将空气送入洁净室，由排风风道将空气排出它能符合形状和面积的洁净室通风空调系统所提出的条件，保证换气平衡和压差，甚至在，大型综合性的不同洁净度的洁净工作台内也能做到这一点。因此，净化工程内循环的全部空气都经过空调器。这就要求增加进、排风风管的损耗。
