在发酵物料的后处理方面，大多数企业加入功能菌进行复配、定形，产品剂型以粉尘为主，但也有采用滚筒造粒或挤压造粒的。颗粒产品克服了粉的剂产品外观差、层次低的缺点，提高了产品的商品性，但同时也提高了企业的生产成本，并对有效菌的存活产生了一定影响。 由于生物有机肥相比普通有机肥生产成本较高，主要应用在蔬菜、水果、***等高附加值的经济作物上，并取得了较好的效果。
与单施化肥相比， 生物有机肥的施用可显著增加大白菜和西瓜的直径、单株（果）质量；还可改善番茄、辣椒的品质，使番茄和辣椒中***C 及还原糖的含量增加。通过研究不同施肥方式对生菜品质的影响， 发现施用阿姆斯生物有机肥可使生菜***C 含量增加，总酸降低，糖酸比显著增加，同时可显著降低易诱发***的消酸盐含量，在改善生菜口感、提高产品安全性方面具有重要作用。
一、生物有机肥能够改良土壤；化肥经常使用会造成土壤板结。
二、生物有机肥能提高产品品质；化肥施用过多导致产品品质低劣。
三、生物有机肥能改善作物根际微生物群，提高植物的抗病虫能力；化肥则是作物微生物群体单一，易发生病虫害。
