不过为了不让水分有大量流失，还是需要用塑料薄膜将鸡粪全部盖住，然后就等待鸡粪自然加热提高温度。
当鸡粪的温度逐步提高到大约60-70℃时，将鸡粪撒匀，冷却后堆放。之后按照此程序和方法，反复重复两至三次，这个发酵过程大约需要20天。
如果直接使用未经发酵的鸡粪，在田间进行二次发酵，鸡粪会产生出大量的热量，造成大量农作物不可挽回的毁灭，造成不必要的损失，并耽误农业生产。
鸡粪里还含有含氮非蛋白化合物，它们以尿酸和氨化物形态存在，适用于反刍动物。鸡粪中的各种氨基酸也比较平衡，每千克干鸡粪中含有赖氨酸5.4克、胱氨酸1.8克、苏氨酸5.3克，均超过玉米、高粱、豆饼、棉籽等的含量。此外，还含有B族***，特别是***B12，以及各种微量元素，1000只鸡1年的粪便相当于25吨豌豆中粗蛋白的含量。每只鸡每年平均产鲜粪41.4千克，每万只鸡平均每年产鲜粪414吨。
槽式好氧发酵：这是目前处理鸡粪有效的方法，也适合鸡粪有机肥商品化生产，有利于标准化生产。它利用生物学特性结合机械化技术，利用自然微生物或接种微生物将鸡粪完全腐熟并将有机物转化为有机质、二氧化碳与水，这种方法发酵时间短，而且易实现工厂化规模生产，不受天气季节影响，对环境造成的污染小，有利于鸡粪有机肥的商品化生产。根据设备不同，发酵槽的宽度一般为6 m，深度一般为1.5 m，长度在50～100 m，可根据实际情况设计。
