生物有机肥的生产主要包括发酵菌促进物料腐熟过程、添加功能菌二次发酵过程和成品加工过程。通过发酵使物料完全腐熟是整个生产的关键环节，在发酵腐熟阶段，多数企业采用槽式堆置发酵法。水分、C/N 比、温度、pH、通风情况等过程参数直接影响物料腐熟的程度和发酵周期。待物料完全腐熟后，添加固氮菌、溶磷菌、解钾菌等复合功能菌群进行二次发酵， 通过控制发酵条件提高产品中的有益活菌数， 从而达到增强生物有机肥肥效的目的。发酵结束后，为了提高产品的商品性和保证产品中有益微生物的存活率， 成品加工多以圆盘造粒后低温烘干工艺为佳。
七、生物有机肥中添加了有益菌，由于菌群的占位效应，减少病害发生；精制有机肥由于高温烘干，杀了里面的全部微生物。
八、生物有机肥养分含量高；精制有机肥由于高温处理，造成了养分损失。
九、生物有机肥经除臭，气味轻，几乎无臭。生物有机肥完全腐熟，虫卵死去率达到百分之九十五以上。
十、生物有机肥施用方便，均匀。生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤促进被土壤固定养分的释放。生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活。
平面条垛式堆肥工艺：
生产流程：原料处理--加菌--混合--建跺--翻堆--二次加菌--混合--检验--包装--出厂；
优点：***小、工艺相对简单。
缺点：占地面积大、腐熟不彻底、二次污染严重。
式好氧发酵工艺：
生产流程：原料处理--加菌--混合--入槽--翻堆--二次加菌--混合--检验--包装--出厂；
优点：腐熟彻底、产品质量高、二次污染小。
缺点：设备投入大、***大。
