土壤板结的主要原因是有机质的缺失，而不是由于使用化肥。这并不是说化肥对土壤板结没影响。有机质缺失，化肥对土壤板结影响的烈度就更加凸显。大量的***钙(石膏)用于改良盐碱地或被海水淹没过的土壤，有良好的效果。而有机质丰富，化肥被利用率大大提高了，化肥残留于土壤中的***根、氯离子、肖酸盐等物质会因转化为水溶有机化合物，以及丰富的土壤微生物的多重作用而无害化，使土地可以永续耕作。所以归根结底，化肥“使土壤板结”的面作用并不是化肥之过，而是人们忽视了向土壤施用足量的有机肥料的结果。
肥料对农作物增产至关重要高等植物所必需的营养元素包括碳、氢、氧、氮、磷、钾、钙、镁、硫、铁、硼、锰、铜、锌、钼及氯等16种元素。这16种必需营养元素因其在作物体内含量不同，又可分为大量、中量和微量营养元素。有机肥为有机农业、生态农业所必须，它能改善土壤性质，提高土壤肥力，提高农产品的产量和质量，还能遏制环境污染。大量营养元素在作物体内约占干物重的千分之几到百分之几十，如碳、氢、氧、氮、磷、钾等；中量和微量营养元素在作物体内约占干物重的千分之几到十万分之几，如钙、镁、硫、铁、硼、锰、铜、锌、钼及氯等。
单施氮素化肥，或单施低量有机肥，或低量有机肥与氮素化肥配合的处理，土壤中的磷都是亏缺的。前者比后者亏缺更多。只有施用高量有机肥，和高量有机肥与化肥配合的处理，土壤中的磷才有盈余。2000-2010年的10年间，中国有机肥料销售年均增速达到56。与土壤磷素变化相同，各处理9年平均土壤效钾含量与对照比较，单施氮肥处理几乎与对照没有什么差别，单施低量有机肥和低量有机肥配合施用氮肥的处理，效钾增加6～7毫克/公斤，施用高量有机肥和配合施用氮肥的处理，效钾增加11毫克/公斤。可见施用有机肥对土壤磷、钾素平衡十分重要。中国化肥生产中氮磷钾比例失调，中国耕地有近3亿亩缺钾，10亿亩缺磷。
