滋生根结线虫
鸡粪是根结线虫的宿营地和温床，自身携带根结线虫卵的数量为每1000克100个，鸡粪中的线虫卵极易孵化，一夜之间倍增数万，土壤中的线虫在有鸡粪的地块发生率提高500%倍以上。
线虫对化学药剂有极为敏感的趋避性，施药后线虫会迅速转移到地下50公分-1.5米的深处躲避，所以很难治。尤其对于3年以上老棚，根结线虫是致命的隐患之一。
未腐熟的确有风险
”鸡粪是有机肥的重要原材料，具有养分含量高、养分多面、肥效快的优点。鸡粪有机肥一般作为蔬菜果树等经济作物的基肥使用，可有效提高农作物品质，改良土壤结构。中国农业大学李季估算，目前我国商品有机肥年生产量中鸡粪有机肥约500万吨。
鸡粪未经腐熟直接施入田里的确有一定的风险
粪便中含有大肠菌和其它***病菌，进入土壤容易滋生作物病虫害。腐熟不彻底的鸡粪在田间二次发酵，不仅会产生热量和***气体，造成作物烧根烧苗，还会消耗土壤中的氧气，导致土壤暂时性缺氧。
鸡粪既增加了许多有机胶体，同时借助微生物的作用把许多有机物也分解转化成有机胶体，这就大大增加了土壤吸附表面，并且产生许多胶粘物质，使土壤颗粒胶结起来变成稳定的团粒结构，提高了土壤保水、保肥和透气的性能，以及调节土壤温度的能力。鸡粪还可使土壤中的微生物大量繁殖，特别是许多有益的微生物，如固氮菌、氨化菌、纤维素分解菌、硝化菌等。鸡粪中有动物消化道分泌的各种活性酶，以及微生物产生的各种酶，这些物质施到土壤后，可大大提高土壤的酶活性。
除了密封堆沤的厌氧发酵方法，还可以采用条堆式堆肥发酵方法。当鸡粪的干度已经到了可以堆起来的时候，把鸡粪堆成一堆，如果有条件在鸡粪堆上盖一层塑料布防止水分过渡流失，然后等待鸡粪自然升温，当鸡粪内部温度升高到70摄氏度左右时，把鸡粪摊开，降温后再重新堆起，这样2-3次后，待鸡粪堆不在升温到50摄氏度以上时，发酵就完成了。鸡粪也转换成了有机肥。如果实在不愿意翻鸡粪堆，那就是发酵时间会比较漫长，大致要3个月左右，而且有机肥质量也会有所下降。而翻堆的话一个月左右能发酵完成。
