在发酵物料的后处理方面，大多数企业加入功能菌进行复配、定形，产品剂型以粉尘为主，但也有采用滚筒造粒或挤压造粒的。颗粒产品克服了粉的剂产品外观差、层次低的缺点，提高了产品的商品性，但同时也提高了企业的生产成本，并对有效菌的存活产生了一定影响。 由于生物有机肥相比普通有机肥生产成本较高，主要应用在蔬菜、水果、***等高附加值的经济作物上，并取得了较好的效果。
微生物肥料中的微生物在高温干旱条件下，生存和繁衍就会遭到影响，不能发挥良好的作用。因而，应选择阴天或晴天的黄昏施用，并分离盖土、盖粪、浇水等措施，防止微生物肥料受阳光直射或因水分缺乏而难以发挥作用、防止与未腐熟的农家肥混用。与未腐熟的有机肥混用，会因高温杀掉微生物，影响微生物肥料的发挥。
鹏程生物生产及销售生物有机肥、精制有机肥、颗粒有机肥、鸡粪有机肥、有机无机复混肥、叶面肥、水溶肥等产品.
四、生物有机肥能促进化肥的利用，提高化肥利用率；化肥单独使用易造成养分的固定和流失。
五、生物有机肥完全腐熟，不烧根，不烂苗；精制有机肥未经腐熟，直接使用后在土壤里腐熟，会引起烧苗现象。
六、生物有机肥经高温腐熟，杀了大部分病原菌和虫卵，减少病虫害发生；精制有机肥未经腐熟，在土壤中腐熟时会引来地下害虫。
