防治褐斑病应遵循以药剂防治为主，辅以清除落叶等农业防治措施。 春季苹果萌芽前，彻底清扫果园内和果园周边的落叶，剪除病梢，集中烧毁或深埋，以清除越冬菌源。 自6月份雨季开始前用药，每隔10~15天喷药1次。雨前使用保护性杀菌剂，雨后使用内吸剂。综合抗病性强，高抗番茄花叶病毒，中抗黄瓜花叶病毒，高抗叶霉病，田间未见筋腐病。降雨频繁，应适当增加喷药次数。5月中下旬至6月底子囊孢子的初侵染期，以及7月份病菌的累积期是防治褐斑病的2个关键时期，在两个关键防治期内至少保证2次用药，将7月底的病叶率控制在1%以内。
叶斑病[症状]叶片染病，初在叶背生油浸状小点，后扩展成2~5毫米圆形至不规则形灰褐，四周褐色至深褐色、油浸状(图4-197，见彩图)。严重的多数小斑融合成大斑块。干燥条件下，病情扩展慢，病斑质脆易裂开，造成叶片干枯而萎。叶斑病，[农业防治]加强轮作:选用抗病品种，白帮较青帮类型抗病:建立无病留种田，选用无病种子:加强田间管理。空间小的日光温室热容量小，受光后升温快,但午后到夜间降温也快，空气对流和热辐射量小，遇到寒流、阴天、低温时,其级冲能力弱,作物易造成冻害。夏季对矮化苹果苗的灌溉时间选择。
苹果苗由于种类繁多，生长迅速，含水量大，抗逆性差，因而对各种病虫危害抵抗力低，尤其在自然条件不利或者管理不当时，更易受到病虫危害。大多数苹果苗从发芽期开始到完成生长发育的各个时期、各个阶段均会受到不同的病虫危害。一般草花采收后要及时进行脱粒，清除杂物进行风干，好的种子应该纯净饱满，矮化苹果苗发育充实、无病虫害。常见的危害严重的蔬菜病害有六七十种，常见危害严重的虫害有十几种，不少害虫还是传播病害的媒介。