厩肥有机肥料家畜粪尿和垫圈材料、饲料残茬混合堆积并经微生物作用而成的肥料。富含有机质和各种营养元素。各种畜粪尿中，以羊粪的氮、磷、钾含量高，猪、马粪次之，牛粪低；排泄量则牛粪多，猪、马类次之，羊粪少。垫圈材料有秸秆、杂草、落叶、泥炭和干土等。但随着研究的深入发展，此类微生物及其制品将会有比较合理、比较科学的归属、分类。厩肥分圈内积制（将垫圈材料直接撒入圈舍内吸收粪尿）和圈外积制（将牲畜粪尿清出圈舍外与垫圈材料逐层堆积）。经嫌气分解腐熟。在积制期间，其化学组分受微生物的作用而发生变化。
肥料处理编辑有机肥料无害化处理的堆、沤方法也很多，但是上海有机蔬菜肥料是采用EM堆腐法、自制发酵催熟堆腐法和工厂化无害化处理等。EM堆腐法EM是一种好氧和嫌氧有效微生物群，主要由光合***、酵母菌和乳酸菌等组成，在农业和环保上有广泛的用途。它具有除臭、杀虫、杀菌、净化环境和促进植物生长等多种功能。但是使用有机肥料也有存在养分含量低，不易分解，不能及时满足作物高产的要求。用它处理人、畜粪便作堆肥，可以起到无害化作用。其具体方法如下：（1）购买EM原液。然后，按清水100毫升和蜜糖或红糖20--40克、M酪100毫升、烧酒（含酒精30%～35%）100毫升和EM原液50毫升的配方，配制成备用液。
其他肥料此外还有泥肥、熏土、坑土、糟渣和饼肥等。土肥类应经存放和晾干、糟渣和饼肥经腐熟后用作基肥。
但是使用有机肥料也有存在养分含量低，不易分解，不能及时满足作物高产的要求。传统的有机肥的积制和使用也很不方便。含硫肥料主要用于调整土壤的碱性和盐性（土壤含过多的氯化钠和碳酸盐）。人畜禽粪便、垃圾等有机废物又是一类脏、烂、臭物质，其中含有许多病原微生物，或混入某些毒物，是重要的污染源，尤其值得注意的是，随着现代畜牧业的发展，添加剂应用越来越广泛，添加剂往往含有一定量的***，这些***随畜粪便排出，会严重污染环境，影响人的身体健康。
