鸡粪未经腐熟而直接施用到作物上，存在很大的害处及隐患：直接施在土壤中，在合适条件下发酵并产生大量的热量，烧毁作物根系，同时鸡粪本身带有大量病菌，给作物带来病害隐患。经过发酵后，一是均衡了有机肥中的酸碱性，减少了消酸盐含量，补充了水分，有利与自然界土壤中微生物菌的组合应用; 二是发酵后能杀灭原粪肥中寄生的虫卵、***生物病菌等，防止鸡粪直接给作物和土壤带来的病菌与危害。
只有放错地方的资源，没有废弃物，这是循环农业很为重要的特点之一。鸡粪是非常的农家肥，对使用鸡粪的农作物生长起到很好的作用。鸡粪中含有丰富的有机质，并且氮、磷、钾三元素的含量非常高，一般情况下一份鸡粪当中含有1.63%的氮、1.54%的磷、0.85%的钾元素。这样高的含量是牛粪和猪粪没有办法比的。除此之外鸡粪当中还含有大量的微量元素，腐熟之后的鸡粪非常适合给农作物施用。
把鸡粪发酵剂菌的种用井水或者是河水稀释，一般是2公斤的鸡粪发酵齐菌的种加入600公斤的水进行搅拌稀释，也可根据鸡粪的干湿程度加水稀释，鸡粪干的话，多加点水，鸡粪湿的话，少加点水。
将稀释好的鸡粪发酵剂菌的种倒入装有干鸡粪的池子或容器中，用铁锹搅拌使鸡粪和鸡粪发酵剂菌的种完全混合均匀，搅拌好的鸡粪和鸡粪发酵剂菌的种混合物干湿程度要以用手可以捏成团感觉有水但没有水滴下来为好，不能太湿，太湿了容易发酸，也不能太干，太干了就不能完全发酵。
