烧根，烧苗，熏棵，死棵
使用发酵不彻底的鸡粪后，当达到合适的温度湿度时，鸡粪便开始发酵，发酵产生的热量会烧苗、烂根、黑根、黄叶、黄化，严重时导致植株死去。
尤其是冬春施用鸡粪安全隐患很大，因为此时大棚内温度高，鸡粪发酵会散发大量热量，导致烧根现象；果园冬春两季使用鸡粪，正值根系休眠前后，一旦烧根，将影响养分积累和来年开花结果。
鸡粪有机肥虽含有丰富的有机质和作物需要的各种养分，但营养元素含量较低，难以满足作物对大中营养元素的需要，因此与化肥相配合，才能均衡提供作物营养成分，保证农作物产品。一般可将40—60%的氮肥、全部磷肥和80%的钾肥与鸡粪有机肥一起作底肥施用。鸡粪有机肥一般作底肥，地表撒施手随耕翻深施入土，避免地表撒施现象，减少肥料的损失浪费和环境污染。
5 .土壤缺氧 有机质在分解过程中消耗土壤中的氧气，使土壤暂时性的处于缺氧状态，会使作物生长受到***。
6 .肥效缓慢 未发酵腐熟的鸡粪中，养分多为有机态或缓效态，不能被作物直接吸收利用，只有分解转化成有效态，才能被作物吸收利用。所以未发酵直接施用使肥效减慢。
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