调节微生物区系，改善土壤微生态系统。腐熟的有机肥中含有酵母菌、乳酸菌、纤维素分解菌等有益微生物，而加有功能菌的生物有机肥还含有固氮菌、硅酸盐***、溶磷菌、光合***和假单胞菌等一些有益菌，这些微生物除了具有产生大量活性物质的能力外，还具有固氮、溶磷、解钾的能力，有的还具有***植物根系病原菌的能力，有的具有改善土壤微生态环境的能力。此外，生物有机肥施入土壤后，能够调节土壤中微生物的区系组成，使土壤中的微生态系统结构发生有益改变。
生物有机肥是在堆肥的基础上， 向腐熟物料中添加功能性微生物菌剂进行二次发酵而制成的含有大量功能性微生物的有机肥料。它与其他肥料相比具有培肥土壤、改善产品品质等优势。
与化肥相比，生物有机肥的营养元素更为齐全， 长期使用可有效改良土壤，调控土壤及根际微生态平衡，提高作物抗病虫能力，提高产品质量。
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生物有机肥的生产主要包括发酵菌促进物料腐熟过程、添加功能菌二次发酵过程和成品加工过程。通过发酵使物料完全腐熟是整个生产的关键环节，在发酵腐熟阶段，多数企业采用槽式堆置发酵法。水分、C/N 比、温度、pH、通风情况等过程参数直接影响物料腐熟的程度和发酵周期。待物料完全腐熟后，添加固氮菌、溶磷菌、解钾菌等复合功能菌群进行二次发酵， 通过控制发酵条件提高产品中的有益活菌数， 从而达到增强生物有机肥肥效的目的。发酵结束后，为了提高产品的商品性和保证产品中有益微生物的存活率， 成品加工多以圆盘造粒后低温烘干工艺为佳。
看物料。是否均匀。抓一把肥料在阳光下观察，阴潮呈团、干燥呈灰都非正常产品。适合特殊功能菌中生长的“有机肥营养”应是套餐型，由多种有机营养物质组成(如：菜粕、黄豆粉等发酵制成)，在光线下能看到原料的痕迹，或者能闻到原料的特殊气味。看效果。加少量水将生物有机肥调成团状，放在冰箱里冻成冰块，然后拿出来溶化，反复三次，肥料中的菌中将会冻死或大幅度减少；这是用它和将原产品进行比较试验、在相同的田块里观察差异，差异明显好肥料，差异不明显，表明该产品有问题，建议放弃使用。
