但也不能偏面的认为鸡粪有机肥施用越多越好。过量施用鸡粪有机肥也会同过量施用化肥一样产生危害，其表现为作物根部吸水困难，易发生烧根黄叶、僵苗不长、叶片畸形等病状，严重的作物逐渐萎缩而枯死。主要原因是过量施用鸡粪有机肥造成土壤中缺水、养分供应不平衡，使土壤中盐分聚积，消酸盐含量超标，从而使作物发生肥害。
生物肥中的生物菌能加速有机肥中有机物的分解，使其更有利于作物吸收，同时能将有机肥中的一些***物质分解转化，避免其对作物造成伤害。鸡粪有机肥料与生物菌肥的结合应用，能使土壤具有较好的固氮、解磷、解钾的功能，起到改良土壤，提高肥料利用率和节本、增产、增收的效果。一般在基施鸡粪有机肥时，可每亩地配合施入生物菌剂2—5 千克；作追施时，可每亩每次配合施入生物菌剂2—3 千克，并可配合加入微量元素肥料。
1 .传然病虫害 鸡粪中含有大肠干菌、线虫等病菌和害虫，直接使用会导致病虫害的传播，作物发病，对食用农产品的***健康也产生影响;未腐熟的鸡粪在土壤中发酵时，容易滋生病菌与虫害的发生。
2 .发酵烧苗 发酵不充分的鸡粪施到地里后，当发酵条件具备时，鸡粪便开始发酵，若发酵部位距根部较近，且作物植株较小，发酵产生的热量会影响作物生长，严重时导致植株死掉。
