分子信标技术由Tyagi和Krammer提出，分子信标长约25个核苷酸，在空间结构上呈发夹型，由环茎杆组成.环部序列与靶DNA序列互补，长约18-20个核苷酸，茎杆部分长约5-7个核苷酸，由GC含量较高的与靶序列无关的互补序列构成，分子信标的5’端标记报告基团，3’端标记淬灭基团。当分子信标处于自由状态时，发夹结构的两个末端靠近使F与Q靠近，F被淬灭；当有靶序列存在时，分子信标与靶序列结合，使分子信标的茎杆区被拉开，此时R荧光不能被淬灭，可检测到荧光信号，常用的荧光-淬灭分子对有Ｆam-DABCYL、Hex-DABCYL、TET-DABCYL、TAMRA-DABCYL、TexasRed-DABYCL等.
分子信标探针检测的优点：
A.可进行核酸实时（Real-time）检测，在PCR体系中加入荧光信标探针，并把PCR仪与荧光光谱仪相连，可以对PCR反应过程随时进行监测并进行***定量；
B.特异性强，与线性寡核苷酸探针相比，茎环状结构的分子信标检测特异性更高，对靶序列中单个碱基的错配、缺失或插入突变均能检测出来；特别适合做ＳＮＰ分析。
C.灵敏度高，低至1拷贝的核酸也能检出；
D.内标定量的线性范围比Taq Man探针宽2个数量级，从103/ml ～1011/ml***；
E.有效消除核酸交叉污染，因为反应与检测直接在封闭中进行；
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