此外，鸡粪偏酸性，会加剧土壤酸化，导致作物病害。相较于猪粪、牛粪等畜禽粪便，鸡粪中的扛生素和***含量往往较高。
“扛生素主要来源于饲料。由于鸡的养殖密度大，防疫要求高，在畜禽中扛生素使用量相对较大，加之鸡的消化道短，很少数养殖场在饲料中添加的扛生素，更容易通过粪便排出。
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但也不能偏面的认为鸡粪有机肥施用越多越好。过量施用鸡粪有机肥也会同过量施用化肥一样产生危害，其表现为作物根部吸水困难，易发生烧根黄叶、僵苗不长、叶片畸形等病状，严重的作物逐渐萎缩而枯死。主要原因是过量施用鸡粪有机肥造成土壤中缺水、养分供应不平衡，使土壤中盐分聚积，消酸盐含量超标，从而使作物发生肥害。
5 .土壤缺氧 有机质在分解过程中消耗土壤中的氧气，使土壤暂时性的处于缺氧状态，会使作物生长受到***。
6 .肥效缓慢 未发酵腐熟的鸡粪中，养分多为有机态或缓效态，不能被作物直接吸收利用，只有分解转化成有效态，才能被作物吸收利用。所以未发酵直接施用使肥效减慢。
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