PCR实验室工作基本原则
不同的工作区域使用不同的工作服（例如不同的颜色）。工作人员离开各工作区域时，不得将工作服带出。
PCR实验室的设计原则
原则上应当设置4个区域：***储存和准备区、标本制备区、扩增区、扩增产物分析区。根据使用仪器的功能，区域可适当合并。
PCR实验室各区功能及主要设备
扩增产物分析区：扩增产物的测定。本区主要设备有加样器和水浴箱等。本区的压力梯度的要求为：相对于邻近区域为负压，以避免扩增产物从本区扩散至其它区域。
由于扩增产物仅几百或几十碱基对（bp），对紫外线损伤不敏感，因此紫外照射扩增片段必须延长照射时间，好是照射过夜。
PCR实验室装饰
实验室围护结构应牢固、气密性好；所有阴阳角宜采用圆弧过渡；墙体内壁光洁、不积尘、耐腐蚀、易清洗消毒；地面使用PVC卷材或环氧树脂自流坪，材料应满足无缝隙、无渗漏、光洁、耐腐蚀的要求。
PCR实验室注意事项——扩增区
为避免气溶胶所致的污染，应当尽量减少在本区内的走动。必须注意的是，所有经过检测的反应管不得在此区域打开。
PCR实验室注意事项——扩增产物分析区
本区是主要的扩增产物污染来源，因此必须注意避免通过本区的物品及工作服将扩增产物带出。在使用PCR-ELISA方法检测扩增产物时，必须使用洗板，废液必须收集至1 mol/L HCl中，并且不能在实验室内倾倒，而应当至远离PCR实验室的地方弃掉。
PCR实验室通风系统及压力控制
PCR实验室并没有严格的净化要求，但是为避免各个实验区域交叉污染的可能性，宜采用全送全排的气流***形式，严格控制送、排风的比例以保证各实验区的压力要求。
