BioNumerics生物信息学软件
BioNumerics生物信息学软件
简要描述：
BioNumerics提供的是一个对生物学实验产生的各种类型的海量数据进行存储、管理和查询，并在此基础上进行亲缘关系分析、聚类分析、数理统计分析及鉴定等的生物信息学软件，帮助研究人员深入挖掘实验结果的深层生物学意义。
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BioNumerics生物信息学软件的详细资料：
生物信息学软件主要特点
BioNumerics是能够以生物学的各种试验数据作为输入数据， 以强大的整合数据库为中心，对生物学数据进行比较，分析，研究的系统。它是在业内***的凝胶电泳分析软件GelCompar II的基础上整合其他功能而来的，它有以下三个重要特征：
1.数据管理：提供对***类型、2D胶类型、序列类型、字符类型、矩阵类型、曲线和动力学描述类型等所有生物学数据存储，提取，搜索功能，非常适合做生物实验室数据管理的核心。
2.数据分析：通过对数据进行比较筛查，分析数据之间的不同点和相似性，从而将数据进行分类，定义，和统计学分析，并可用来鉴定未知的生物体。BN分析功能的独特之处在于它可以综合不同实验方法的的结果，给用户一个可靠的结论。
3.网络共享：使用BN提供的网络共享功能，在指定的网络里，用户之间可以方便地交换共享生物数据，并能导入互联网上知名的***数据库。
BioNumerics生物信息学软件 技术参数
数据处理的应用模块(共5个)
Fingerprint types：可以处理PFGE, AFLP, RFLP, RAPD, REP-PCR, ARDRA, isoelectric focusing，DGGE, TGGE等电泳数据；导入各种格式的光谱数据：气相色谱和液相色谱数据，DHPLC、 LCMS、MALDI-TOF和ESI谱的数据。
Character types：可以处理生物抗性实验数据；脂肪酸甲基化脂(FAME)分析数据；生物显性阵列数据；API表型测试数据；微阵列芯片数据；Dot blots和probe sets数据；Spoligo—typing数据；生化试验数据；酶活和代谢活性数据等。
Sequence types：可以处理核酸(DNA或RNA)和氨基酸序列；自动测序仪(Applied Biosystems, Beckman, Amersham等)得到的色谱文件；广泛的识别各种序列格式，包括EMBL, GenBank和Fasta格式。
能够快速导入来自各种高通量测序平台的序列（如Roche/454，Illumina，IonTorrent…）。在标记***的深度测序基础上进行宏***组学分析。通过原始序列读取进行微生物群落的定量化、可视化和比对。
Whole Genome Map Types: 全***组图谱数据（OpGen公司）的XML直接导入，快速可视化和聚类全***图谱，通过全***组限制***谱提供的非常详细的菌株信息来对流行病菌株进行分型和特性描述。
Trend data types：处理实时荧光定量 PCR数据；代谢活性和酶活性的动力学数据；微阵列实验中的时间进程数据，生长曲线数据等和趋势相关的实验数据。
生物实验数据分析的功能模块(共5个)
Tree and Network Inference：对导入数据库中的凝胶图谱、字符型数据等各种数据记录之间，多种试验之间， 使用广泛的相似性系数和聚类算法建立比较，进行聚类和系统进化分析。对导入的色谱和光谱曲线数据、质谱图进行主成分分析，矩阵挖掘和创建鉴定项目等。
Classifiers and Identification：根据导入的各种生物试验数据，通过各种算法对已知生物体进行分类；对未知的生物体进行物种鉴定。
Dimensioning and Matrix Mining：把数据库中的记录按两维或多维空间进行聚类分析，主要包括主成分分析（PCA）和多向度量法（MDS）等，评估各种聚类分析方法的可靠性。通过广泛统计学分析和确认测试工具进行多元方差分析，从而可以评估数据组之间的相互关系或者对用户限定条目进行聚类分析。
Genome Analysis Tools：对***组和染色体进行并排式比较、注释，能够快速突出***组的差异。基于标记***的测序，利用宏***组学的工具对微生物群体进行分类和鉴定。
Versioning & Audit Trails：为所有输入到 BioNumerics中数据的修改和编辑提供***和审计，符合GMP和FDA的要求。提供安全的数字签名功能，使数据的确认和添加更符合规范。
BioNumerics生物信息学软件
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