1886-1888年德国科学家赫尔里格尔（H.Hellriegal）在砂培条件下证明，保山生物有机肥生产，豆科植物只有形成根瘤菌才能固定大气中的氮。1888年荷兰学者贝叶林克（M.W.Beijerinck）分离了根瘤菌，这是 微生物肥料方面的突破。现已明确那是根瘤菌的作用。这些菌的发现，促使了美国公司纳特尔公司于1898年生产和销售了土壤菌接种剂。自此以后，就有诸多的菌制剂用于土壤和农作物种子的拌种和包衣。
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二次陈化扩培法
此法相对于直接添加法的优点是：节省***成本。缺点是：需要通过实验确定特定微生物的添加量，同时增加了少许操作过程。一般建议添加量为直接添加法的20%或者以上，通过二次陈化法达到***生物有机肥料NY884-2012标准。操作步骤如下：
湿度与温度控制：堆放发酵期间，保山生物有机肥，应根据功能菌的生物学特性控制好湿度与温度，如果温度过高，应该降低堆放高度。
特定功能菌含量检测：堆放结束后，取样包装，送具有微生物检测能力的单位初检特定微生物菌含量能否达到NY884-2012标准，如果达到，即可以此方法制作生物有机肥。如果没有达到，保山生物有机肥厂家，增大特定功能菌添加量至直接添加法的40%后重新实验，直至成功。
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一种微生物具有提供植物营养功能（如固氮***等），但不一定能具有分解污染的能力（即分解物质的***）。要实行***转移十分困难，还要巨大的***。（2）土壤污染物种类很多，现已有105种以上的物质对环境造成了污染。这些污染物结构和化学成分各不相同，所以不可能用105种微生物混合一起来做成制剂。***转移更难以达到；（3） 生物虫剂和生物除莠剂等的原理和***差异十分巨大，原则上为一菌一种用途。所以只能制成单一的菌剂。而且发挥作用的时间较长。（4）生物肥料中的菌剂有些不是典型的土壤微生物，当其制成菌剂施入土壤后难以成活，而且在使用前通常也只能保持3个月的货架期。
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