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养殖藻类是另一个潜在的生物燃料原料。一些企业正在开发从藻类中产业化生产合成气和氢气的体系。绿色燃料技术公司与亚利桑那公共服务公司合作，原料的发电厂排出的二氧化碳养殖可以转化为生物柴油或生物乙醇的藻类。绿色燃料技术公司的技术去年在亚利桑那州的一个发电厂进行了中试并获得了巨大成功。公司计划将该项目范围扩大，生物燃油电话，并于2008年在亚利桑那州开始商业化生产，然后扩展至澳大利亚和南非。

担忧在于“与粮争地”，铃木警告说，大规模改种生物燃料植物已经造成美国和墨西哥玉米价格上涨，生物燃油销售，并可能导致发展中***粮食短缺。2007年美国25%的玉米收成变成了乙醇燃料，生物燃油，但另一方面，粮农***2007年底的一份报告说，受大量粮食被转变为生物燃料等因素的影响，世界正在经历“前所的未有”的粮食危机。有联合国官员认为，使用粮食生产燃料是一项罪行。

生物燃料在生产过程中所消耗的能源比它们所能够产生的能源要多，并且生产成本高于它们所替代的石油燃料。能源成本首先包括种植作物所需的化肥，也包括进行转化所需的水、蒸汽及电力。经济成本包括人工、灌溉与机械以及化肥。能量密度较低的乙醇还增加了运输成本，并降低了发动机效率。玉米、柳枝稷、木质纤维素、大豆及葵花油等多种生物燃料原料植物的能源与经济性逆差是相似的。