生物燃料的作物被生物质分解或者烧荒种地，导致需要数十年甚至数个世纪的生物燃料才能补偿所排放的碳。为了制造及运输生物质燃料会产生污染、二氧化碳排放及使用水资源、化肥。在地生产使用生质燃料可以减少这些问题，生物柴油费用，但是就算在地生产，生质燃料在环保上可能还是不值得，生物柴油加盟，甚至有些研究显示、一些已经量产的生质酒精在经济上都是不值得──例如制造玉米酒精所需要的能量会超过玉米酒精能提供的能量。
生物燃料在生产过程中所消耗的能源比它们所能够产生的能源要多，生物柴油销售，并且生产成本高于它们所替代的石油燃料。能源成本首先包括种植作物所需的化肥，也包括进行转化所需的水、蒸汽及电力。经济成本包括人工、灌溉与机械以及化肥。能量密度较低的乙醇还增加了运输成本，并降低了发动机效率。玉米、柳枝稷、木质纤维素、大豆及葵花油等多种生物燃料原料植物的能源与经济性逆差是相似的。
如果以竹柳作为分析对象，生物柴油，在超高密度（150000万株/hm）、超短期轮伐的（轮伐期1～2年）的情况下，其每年每公顷平均的生物量生产可达37.8t以上，相当于94.5m木材或15.12m燃油，约合94桶油。受目前******风暴影响，国际油价格暴跌，按照当前跌后价格平均43美元/桶计算，每年每公顷产值4042美元，折合rmb约27500元（汇率6.8）。
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