微生物肥料通常用塑料袋包装。袋口应密封，袋外标明菌剂名称、制造日期及有效施用方法，外包装要用纸或木箱，箱外也须标明菌剂名称和制造日期。菌肥宜单独贮存，不应与化肥、***同仓共储；成品应低温保存，以免降低其存活率和***力。产品的有效期限一般为3-6个月，过期失效。
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土壤不利于微生物存活
土壤不利于微生物存活：果园多年不施有机肥和浅施无机肥，造成土壤板结，存氧量差，根系生长缓慢，土壤pH值发生变化。在土壤中的残留直接***了土壤的团粒结构，使土壤中的微生物***。果园施用有机菌肥后，土壤中没有足够的微生物使菌肥发酵繁衍而形成有效的菌群，阻碍了肥效的发挥。
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菌肥中的菌赖以生存的条件是有机质。而80%以上的果园都在施用无机化肥，土壤板结透气性差，使得一些厌气菌大量繁殖，如镰刀菌、齐整小核菌等。更严重的是有机肥极度缺乏，生物菌剂价格，***了土壤的团粒结构，降低了土壤的保肥保水能力。果农施商品有机菌肥一般每亩都在40公斤左右，有机质很快被分解利用，微生物菌剂，有机肥中的***失去赖以生存的条件不能繁衍生存，大部分***。这就是果农在施用商品有机菌肥中发现的地厚施有机菌肥有作用，而地薄无作用的道理。
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