实际上FDA网站上是有两套化妆品查询系统的。
一套点击首页上的“数据查询”即可进入，查询的是需要行政许可审批的化妆品，包括国产特殊用途化妆品、进口非特殊用途化妆品，进口特殊用途化妆品，简单了说就是特殊用途化妆品和进口化妆品。传送门--->***食品***监督***--数据查询
另一套是在“许可服务”->“网上办事”->“国产非特殊用途化妆品备案”，查询的是不需要行政许可审批的化妆品，即国产非特殊用途化妆品。传送门---> http://125.35.6.80:8080/ftba/fw.jsp
两个系统对应的产品完全不同，查的时候要先清楚查哪个，如果不清楚的话两个都试一下呗……
化妆品行政许可审批系统：这个系统自化妆品管理职权从***划到FDA时就建立了，可以查上面说的三类产品的批件、批准文号、以及产品技术要求（部分旧的批件木有技术要求）。
关于国产非特殊用途化妆品备案系统：这个系统印象里是自2014年6月开始启用的，按照当时文件的要求是2014年12月30以后所有在售国非特必须通过这个系统备案。私以为是一个理念非常超前的管理方式，简化了国非特备案的流程和资料要求，但实际上却增强了监管力度。
按照现行的***要求所有的产品都是要注册或者备案的，经过注册备案的产品都应该能在这两个系统中查到。未经许可生产特化，除了没收***所得和罚款外，严重的可以吊销卫生许可证；未经备案销售国非特的，按照拒绝卫生监督进行处罚，警告并责令限期改正。
好，现在回答题主的问题，为什么在这两个系统中都找不到：
很简单，没有按照***的要求注册或者备案，注意以下情况除外：
1、***产品，这是个大BUG。原因有点复杂，简单来讲，2015年6月之前生产的***产品可能在两个系统中都找不到。具体一点，***产品原本并不在特殊用途化妆品范围内，后来因为作用机理跟祛斑没本质区别而且风险比较高，所以CFDA在2013年底发布10号文，将***化妆品纳入特殊用途化妆品进行管理，在售的***产品全部要去申报注册特化（说多了都是泪啊~），同时给了个过渡期，2015年6月之前生产的***产品可以继续销售到保质期结束；而国非特备案系统启用的时候已经不接受***产品作为非特进行备案了，所以这个系统中是不应该有***产品的（偶有漏网之鱼，因为部分***者的业务水平不够高）。我们公司就有这么一款***产品，原计划就是2015年8月生产***后一批下市的，恰好碰到***变动，遂把***后一批的生产时间提前到6月然后木有去注册。这个产品目前还有少量库存在售，是两个系统中都查不到，但的的确确是合规的。当然，这种BUG产品***多销售到保质期结束，往后会渐渐被市场消化掉。
2、对于特殊用途化妆品和进口化妆品，实际上产品批准后7天才能在这个系统中查到。不过按照***要求，产品批准后厂家才能生产，再算上包装运输，到消费者手中***在7天之后了，理论上应该能查到。当然有些特殊情况，比如化妆品防晒指数难审批？ - 知乎用户的回答
某宝莲钻了个***的空子，设计了一款防晒产品但不宣称防晒功能按照非特殊用途化妆品先上市占领市场，特化的程序在后面慢慢做，批下来了再宣称防晒。
像这种横跨两个系统的产品在实际操作的时候可能有个短时间的空档，在两个系统上都查不到。
3、对于国非特备案，要求是提交了资料你就可以上市销售了。但是系统设计的时候很坑，备案程序没走完，系统上就查不到。可是这个流程时限是15天啊亲~像广东这么多企业这么多产品，往往15天都看不完啊亲~所以一个产品提交了要等十多天才能在系统上查到啊亲~。再加上虽然总局一直强调国非特备案是形式备案，不对备案内容进行实质性审查，但是在地方执行的时候偏差很大，经常拿资料里一点鸡毛蒜皮的小事跟你扯，更拖延了备案时间。
4、两个系统在设计上都存在点问题。国非特那个经常是忽略搜索的关键词，莫名其妙，你需要多试几遍；行政许可那个系统允许产品名带®，如果申报的产品名中有®而你搜索的名字没有，那就搜不出来，这种情况建议拿产品名中的关键词再试试。
那合不合格呢？
1、如果是国产产品，虽然不能说没经过注册备案就上市的一定是不合格产品，但是起码能说一定是违规的，而且一个广告做得再好，起码的***要求却没能做到，质量有多少保障呢？
2、如果是进口产品，通过***或者代购进来的（合法进口的，海关那边会要求提供批件），国内又没有经销的，当然查不到……如果你确信购买途径是可靠的，产品是知名公司生产的，生产地的化妆品***系统比较完备的话，“相对”合格吧（因为各国化妆品***不同，中国的个别禁用物质在某些***是允许使用在化妆品中的）。注意是个林子总有坏鸟的，请仔细辨别。
***后说几句，CFDA化妆品注册司的戚司长一度喜欢在各种场合滔滔不绝地讲述他的国非特备案系统的宏伟蓝图，希望有朝一日每个产品包装上都印个二维码，消费者拿手机一扫就可以了解产品的备案情况。这么超前（***）的想法当然必须肯定被我们顶回去了（哦呵呵~），但是目前已经有APP可以通过输入产品名的方式查询备案情况。
-------------2015/9/16我割---------------------------------------------------------
补充几句：
1、有人问APP，我直接贴一个，传送门--->广东省食品***监督***，声明俺没用过，有问题别找我，我也不懂（摊手）；
2、解释几个***词汇——
特殊用途化妆品：用于育发、染发、烫发、脱毛、**、健美、除臭、祛斑（***）、防晒的化妆品。算不算特化主要是看宣称的，也就是说，即使添加了防晒剂，但是不宣称防晒***，也不算特化；你没加防晒剂，但是宣称了防晒***，也要按照防晒类产品去申报注册（虽然通不过）
非特殊用途化妆品：就是不宣称以上***的化妆品，***、去皱，***化等等现在都算非特的宣称
进口化妆品：简单了说，就理解为在国外生产在国内销售的化妆品吧……实际界定会复杂一些，但对消费者影响不大
国产化妆品：不用解释了吧……但是注意外资企业在国内办厂生产的，那也是国产！！！
特化和进口化妆品是要在外包装上标注批准文号的。请MM们购买此类商品的时候首先查验包装是否有批准文号，再在CFDA的系统中查验产品信息是否一致。特别是现在打着***、***旗号的化妆品很多，此类产品安全风险又高，购买时请注意甄别。
另外就是现在有企业非常聪（qi）明（pa），做个包装全外文，再贴个简易的中文标签，妥妥的“进口化妆品”。想识别这种李鬼很简单，1看是否有批准文号，2上系统查。
3、上面写的都是现行***要求，化妆品的整个***体系正在修改，不久之后可能就有大变动，以上答案就可能不适用啦。其实我国的化妆品***是非常严格的（都有点***了 - -！），***的只是一小撮不良厂商，请大家对我国的化妆品安全性状况要有信心~
4、慎重关注俺……俺只是个技术***人员，不参与研发更没有研发背景，甚至不是化学***的，您问我哪个化妆品好，什么成分好，俺真的不懂啊~~~更何况俺是个大老爷们儿，死理性派，只会告诉你“无添加”不科学，植物护肤风险可能更高，有机产品是个坑，硅油是个好东西……你敢信我不？化妆***、原料的问题，可以看看诸如 @慕容七 这些研发大神的回答和文章。
如何查询化妆品真假？
你是通过什么渠道购买化妆品的？商超、专柜、网购平台、***、代购？不管你是通过什么渠道买到的化妆品，你会怀疑它是***吗？在我从事化妆品安全评估工作之前，我虽然怀疑过买到的化妆品的真伪性，但是我从来不知道该怎样去确认它。现在，我每入手一个化妆品肯定会去查询它的真***。
首先，我们要搞清除手上的化妆品属于哪一类？按照化妆品的来源来分，我国市场上的化妆品分为：进口化妆品和国产化妆品；按功能来分，分为特殊类化妆品和普通（非特殊类）化妆品。特殊类化妆品包括九大类，即育发、染发、烫发、脱毛、**、健美、除臭、祛斑（包括***）和防晒。除这九大类就是非特殊类了。结合化妆品的来源和功能区分，也就是国产非特殊类化妆品、国产特殊类化妆品、进口非特殊类化妆品和进口特殊类化妆品。接下来我们就按照这四类化妆品类型分别介绍如何查询它们的真伪性。
在我国市场上销售的化妆品都是由食品***监督***监管的，也就是说，市场上这些化妆品在进入市场前都是要获得***批准的，会有一个批准文号。
国产特殊类化妆品：国产非特殊类化妆品是由省级食品***监督***监管的，它有一个专门的备案平台： http://125.35.6.80:8080/ftba/fw.jsp
进入以后也就是以下页面：
将产品名称输入查询框，按一下回车健就会找到你要寻找的产品，例如：
如图，我们就可以开始核对手上的化妆品包装上的信息是否与该查询结果一致了。更直观的判定方法是，左下角有产品的包装平面图和立体图，直接预览，就可以完整的看到这个产品是什么样子的了，如果你手上的产品跟这个备案系统的不一致，很抱歉，你手上的产品是***。
国产特殊类化妆品、进口非特殊类化妆品和进口特殊类化妆品：
这三类产品都是由***食品***监督管理总局直接审批的，所以它们的查询窗口是在一起的。
同样的可以输入产品名称进行查询，在这里值得注意的是，在***查询里有“批件状态”这一项，记住！在这里输入“当前”二字，因为这个系统里是收集了所有批准的化妆品的，如果你查询到的产品不是当前状态，说明这个产品并不在批准有效期内了，也可以说这个产品如果你买到了，抱歉！它是***了。
批准文号是值得我们注意的，因为它是必须标注在产品包装上的，首先我们可以通过它来核对产品的真假。还有一个信息量巨大的地方：“产品技术要求”，点击查看详细内容，你就可以得到这个产品的配方，当然不包括每个原料的比例（企业***），产品包装上肯定有“成分”一栏，我国化妆品***是要求全成分标注的，也就是说，只要是这个产品李有的成分，生产企业就必须把它们标注在包装上，我们可以通过核对成分信息来确定该产品的真伪。
很多人可能会有疑问，我根本分不清手上的产品该分为哪一类，不用着急，教你一个非常简单的办法，找到产品包装上的批准文号，国产特殊类化妆品的批准文号是：国妆特字G********；进口非特殊类化妆品的批准文号是：国妆备进字J********；进口特殊类化妆品的批准文号是：国妆特进字J********。
亲：你会查询化妆品真伪了吗？快来查一查吧！
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如果你的产品是通过海外个人包裹或者其它非正常渠道进入中国的在系统里是查询不到的。是不是这些产品我们就查询不到它的真伪了呢？不用担心，下次教你查询海外产品真伪。
作为常年从国外进口化妆品公司的员工，我们进的每一种化妆品都必须在食药监局网站上查到，简称批件。。进口货物信息（品牌、品名、产地等）必须要同实物一致CIQ才会放行，不然会被销毁或退运，严重的甚至会上黑名单。
如其他答主所说，网站上没有不代表是不合格的，只是没有经过检疫合格或者去备案的，理论上是***不能在市场上销售。
但是网站上有的不代表也是合格的，常见的主要是以下这种情况：
这种，虽然查的到但是已经过期而且没有重新审批的，或者实际已经超过有效年份但批件状态未更新成已过期的，也都是不能销售的产品。